Для того, чтобы система корректно учитывала нажатия на FLASH-баннеры, ссылку в них необходимо указывать следующим образом: getURL(banner_href, "_blank"); в обработчике отпускания кнопки мыши (on (release) { }). Таким образом, после перехода по баннеру ссылка будет открываться в новом окне браузера.
Объектом с данным обработчиком должна быть кнопка. Обратите внимание на отсутствие кавычек в первом параметре — это важно. Вот поясняющая картинка для редактора Macromedia FLASH версии MX:

При публикации или экспорте баннера необходимо установить версию флеш-плеера не выше 8 и ActionScript 2.0.
/!\ Внимание! FLASH-баннеры, сделанные без учёта данных рекомендаций могут не приниматься системой как баннеры неподходящего формата.